两者都是检查胎儿的非整倍染色体畸形的。无创DNA产前检测是筛查手段，而羊水穿刺是确诊手段。两个的地位是不一样的。

筛查时间比较：无创DNA产前检测推荐在6周以后检查，且胎儿B超显示胚芽达到3mm及以上，有心跳搏动。羊水穿刺是在孕周16-24周内进行比较适合。筛查准确度：无创DNA产前检测，通过检测母体血液中胎儿的游离DNA，有假阳性，意思是无创DNA检测的结果显示是高危，但不一定能证明胎儿是个唐氏儿，需要羊水穿刺明确。而羊水穿刺是直接从羊水中获取胎儿的染色体基因信息，羊水穿刺比无创DNA更准确。

优缺点比较：无创DNA检测是以抽取母体的静脉血检查，该检测无感染风险，但准确度高，对于唐氏儿有99%的检出率（特别是香港的95项精准版检测）。

羊水穿刺，有感染和导致流产的风险（其实该手段已经非常成熟，风险发生率约0.5%），但获得的是胎儿来源的DNA信息，是确诊实验，准确度100%。